秸稈木炭機在生產過程中最需要注意的就是安全問題，由于木炭機使用的是三相380伏的高壓電源，且為了便于電動機的散熱機殼采用的是金屬材料，一些操作人員在木炭機生產時去觸碰電機，容易產生漏電或者觸電事故，對于此種易被忽略的問題除了在關鍵位置張貼醒目的危險標識外，還應在電路上安裝漏電保護裝置，以杜絕漏電事故造成的安全威脅；其次秸稈木炭機生產過程中易被忽略的問題即原材料的檢查，一些農作物秸稈還處于潮濕狀態，若不進行自然風干，即使進入秸稈木炭機的炭化爐后也有一部分的秸稈不能被完全炭化，導致生產處的機制炭在使用時出現大量冒煙現象，影響使用品質。因此在生產前一定要詳細檢查原料的干濕度，達到要求的才能進行生產。
新購買的秸稈木炭機很多操作人員由于剛接觸操作起來都會十分小心，因為不知道怎么操作，秸稈木炭機最容易損壞的不僅就是制棒機的螺旋推進器，它是行業內公認的易損部件，因為推進器在整個秸稈木炭機的生產過程中磨損**，而不同廠家生產的秸稈木炭機的推進器規格也不同，因此在操作時需要注意經常維護推進器，避免其收到嚴重損壞。
在操作秸稈木炭機之前，廠家的技術人員都會詳細講解操作前的準備工作，包括電源的安全保障情況，秸稈木炭機使用的動力源是一臺380伏特的電動機，所需要的電流量極大，在生產時要保證電路有充分的保護措施，防止在發生事故時對人身造成傷害。同時非廠家技術人員不能隨意拆卸秸稈木炭機。
秸稈木炭機操作需要注意的第三個方面就是原料，秸稈原料首先要干濕度適宜，過濕會堵塞秸稈木炭機，甚至造成生產的機制炭不合格。因此，在秸稈木炭機的操作過程中，原料也是十分重要的一個環節。

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